Keskuksen johtokunta muodostuu kunkin jäsenvaltion yhdestä sekä komission kahdesta edustajasta. Johtokunnassa voi lisäksi olla yksi edustaja jokaisesta muusta asianmukaisten säännösten mukaisesti keskuksen toimintaan osallistuvasta maasta.
Lisäksi Euroopan parlamentti nimeää johtokunnan jäseniksi kaksi ympäristönsuojelualan tieteellistä erityisasiantuntijaa, jotka valitaan sen henkilökohtaisen myötävaikutuksen perusteella, jonka heidän odotetaan antavan keskuksen toiminnalle.
Kunkin johtokunnan jäsenen sijaisena voi toimia varajäsen.